Инструментов поиска уязвимостей довольно много. Есть коммерческие продукты: Acunetix, Nessus Scanner, Nexpose, но имеющие и бесплатные пробные версии с ограниченным функционалом. А есть и полностью бесплатные: Wapiti, Nikto, Vega, SQLmap.
С коммерческими продуктами все в основном просто и...